Основная задача лаборатории - обеспечение процесса принятия решений на прибрежных территориях и морских акваториях диагностической и прогностической информацией, которая используется при: 

•    проектировании и обслуживании морских портов;
•    проектировании подводных линейных объектов во внутренних морских водах и территориальном море РФ;
•    проектировании систем ликвидации аварийных разливов нефти;
•    при расчёте ущерба водным биоресурсам;
•    при зонировании акваторий (выделение экологически опасных зон, определение границ охранных зон, планирование природоохранных мероприятий и т.д.).

Лаборатория имеет Сертификат соответствия № РОСС RU.ME83.H00320 на программную систему «Интегрированная технология моделирования», представляющую собой распределенную компьютерную систему, в рамках которой на общей информационной базе данных осуществляется математическое и геоинформационное моделирование. 
Основой для проведения моделирования является система, синтезированная из следующих моделей: адаптированной трехмерной термогидродинамической модели Принстонского Университета; адаптированной ветро-волновой и литодинамической моделей Дельфтского Технологического Университета; модели распространения поллютантов (загрязняющих веществ); модели распространения нефтяных пленок; системы атмосферных математических моделей и др.   Моделирование осуществляется на базе широко известных геоинформационных систем Arc/Info и Arcview.